1. Thời kỳ Tiền - Sơ Sử (từ thế kỷ II trở về trước)
Do có đặc điểm địa lý thuận lợi nên trên vùng đất Hội An ngày nay đã xuất hiện những lớp cư dân đầu tiên thời tiền- sơ sử mà những di tích văn hóa Sa Huỳnh là những chứng cứ sinh động. Qua kết quả nghiên cứu khảo cổ học tại các di chỉ cư trú và di tích mộ táng như Hậu Xá, An Bang, Thanh Chiếm, Trảng Sỏi (thuộc phường Thanh Hà), Xuân Lâm (thuộc phường Cẩm Phô), Đồng Nà (thuộc xã Cẩm Hà) với nhiều loại hình mộ chum đặc trưng, những công cụ sản xuất, công cụ sinh hoạt, đồ trang sức bằng đá, gốm, thủy tinh, kim loại... được lấy lên từ lòng đất có niên đại trên dưới 2.000 năm, tức là vào giai đoạn hậu kỳ Sa Huỳnh. Riêng tại di chỉ Bãi Ông (thuộc xã Tân Hiệp- Cù Lao Chàm) đã phát hiện những di vật, hiện vật có niên đại hơn 3.000 năm, thuộc thời tiền sử.
Đặc biệt, tại các hố khai quật các di chỉ khảo cổ học ở Hội An thuộc thời kỳ này đã phát hiện được hai loại tiền đồng Ngũ Thù và Vương Mãng thời Hán, gốm và những hiện vật sắt kiểu Tây Hán, hiện vật đồng mang dáng dấp văn hóa Đông Sơn (phía Bắc), những hiện vật mang dấu ấn đặc trưng của văn hóa Óc Eo (phía Nam), hoặc đồ trang sức bằng mã não, thủy tinh với công nghệ chế tác tinh luyện có nguồn gốc Ấn Độ, SriLanka, Trung Quốc… Điều này chứng minh cư dân Hội An thời kỳ văn hóa Sa Huỳnh đã có sự giao lưu rộng rãi với bên ngoài; đồng thời là cơ sở để khẳng định đầu công nguyên đã có nền ngoại thương manh nha hình thành ở Hội An.
2. Thời kỳ Chiêm Cảng của Vương quốc Champa (thế kỷ II - thế kỷ XIV)
Dưới thời vương quốc Cham- pa (thế kỷ thứ II đến thế kỷ XIV, nhất là trong các thế kỷ IX- X), vùng đất Hội An lúc bấy giờ có tên gọi là Lâm Ấp phố. Đại Chiêm Hải Khẩu (Cửa Đại) và Chiêm Bất Lao (Cù Lao Chàm) trở thành điểm dừng chân quan trọng trên con đường hàng hải quốc tế. Lâm Ấp phố là một thương cảng phát triển, thu hút nhiều thuyền buôn Ả rập, Ba Tư, Trung Quốc đến buôn bán, trao đổi. Hàng hóa xuất khẩu chủ yếu lúc bấy giờ là tơ tằm, ngọc trai, đồi mồi, vàng, trầm hương, nước ngọt... Nhiều thư tịch cổ ghi nhận đã có một thời kỳ khá dài, Chiêm cảng Lâm Ấp phố đóng vai trò quan trọng bậc nhất trong việc tạo nên sự hưng thịnh của kinh thành Trà Kiệu và trung tâm tôn giáo- tín ngưỡng Mỹ Sơn.
Với những phế tích nền móng kiến trúc Chăm, những giếng nước Chăm và những pho tượng Chăm (tượng Vũ Công Thiên Tiên Gandhara, tượng Nam thần Tài lộc Kubera, tượng Voi thần...) cùng những mảnh gốm- sứ Trung Quốc, Đại Việt, Trung Cận Đông thế kỷ II- XIV và đồ trang sức, những mảnh vật dụng bằng thủy tinh màu nổi tiếng của vùng Trung cận Đông, Nam Ấn Độ...được phát hiện. Những tư liệu này càng làm sáng tỏ giả thuyết từng có một Lâm Ấp phố (thời Cham- pa) trước Hội An (thời Đại Việt), từng tồn tại một Chiêm cảng với nền mậu dịch hàng hải phát triển phồn thịnh.