Sau sự kiện vua Chiêm Thành là Chế Mân cắt hai châu Ô và Lý để làm sính lễ cưới công chúa Huyền Trân của thượng hoàng Trần Nhân Tông (đầu thế kỷ thứ XIV), biên giới phía Nam của nước Đại Việt đã đến bờ Bắc sông Thu Bồn. Đầu thế kỷ XV, nhà Hồ (Hồ Hán Thương) tiếp tục mở rộng bờ cõi đến cả Chiêm Động, Cổ Lũy (tương ứng vùng Quảng Nam, Quảng Ngãi ngày nay). Nhưng chiến lược di dân từ các vùng phía Bắc được các triều đại phong kiến Đại Việt trong thời kỳ này sơ khởi đã phải gián đoạn; phần thì do sự tranh chấp, thôn tính xảy ra liên miên giữa hai nước Việt- Chiêm, phần thì do quân Minh xâm lược đặt ách đô hộ nước ta.
Cho đến giữa thế kỷ XV, năm 1471, đại binh "Nam tiến bình Chiêm" của vua Lê Thánh Tông kéo vào triệt hạ kinh đô Đồ Bàn của Chiêm Thành, đặt ra Đạo thừa tuyên Quảng Nam, bắt đầu cho sự hiện diện chính thức của người Việt ở miền Trung. Tuy nhiên, phải đến thời các chúa Nguyễn vào trấn thủ vùng Thuận Hóa- Quảng Nam thì sự nghiệp khai phá đất Đàng Trong thật sự bước vào thời cao điểm. Khởi phát từ năm 1558, khi Nguyễn Hoàng quyết tâm rời bỏ vùng đất bản hộ của họ Nguyễn ở Thanh Hóa để tiến về phương Nam, thoát khỏi ách kiềm tỏa của vua Lê- chúa Trịnh, thực hiện kế sách tạo dựng một khu vực quản chế độc lập, phát triển lâu dài, dựa vào ưu thế của vùng đất “Hoàng Sơn nhất đái, vạn đại dung thân”. Cả vùng đất rộng lớn từ đèo Hải Vân đến đèo Cù Mông mới trở nên ổn định và thu hút đông đảo nhân dân ở các tỉnh đồng bằng Bắc bộ và Bắc Trung bộ vào khai hoang lập làng, xây dựng cuộc sống mới. Một bộ phận cư dân Việt phát tích từ các vùng Thanh Hóa- Nghệ An- Hà Tĩnh đã dừng bước lưu dân, an cư lạc nghiệp, dựng làng lập phố bên dòng sông Thu Bồn thơ mộng.
Để thu phục nhân tâm, có đủ sức đương đầu với thế lực hùng mạnh của chính quyền Lê- Trịnh ở Đàng Ngoài, Nguyễn Hoàng đã ban hành và thực thi hàng loạt các chính sách tích cực, xây dựng và củng cố uy lực của một thể chế chính quyền mới như: khuyến khích khai hoang, trọng dụng người tài, xây dựng lực lượng quân đội hùng hậu… Đến thời các chúa Nguyễn kế nghiệp sau đó ở Đàng Trong cũng là thời kỳ phát triển rất mạnh của nền công nghiệp hàng hải mậu dịch quốc tế và là thời đại hoàng kim của hệ thống thương mại Đông Á. Cùng với tài thao lược của các chúa Nguyễn đương thời, cộng đồng cư dân Hội An- xứ Quảng đã biết phát huy tính cần cù, trí thông minh, óc sáng tạo để xây dựng nên phố thị, làng quê ngày càng thêm trù phú.
Do có vị trí địa lý thuận lợi, tiềm năng của một xứ Quảng giàu tài nguyên, dồi dào đặc sản, nguồn nhân lực tràn đầy sinh khí, chính sách ngoại kiều và ngoại thương khôn khéo, thoáng mở… nên cảng thị Hội An đã tạo nên một hấp lực lớn, thu hút nhiều thuyền buôn của Bồ Đào Nha, Tây Ban Nha, Hà Lan, Anh, Pháp, Ấn Độ, Trung Quốc, Nhật Bản, Xiêm…tập nấp đến giao thương.
Từ một “Chiêm cảng” bị suy tàn, Hội An mau chóng phục hưng và trở thành trung tâm thương mại quốc tế phát triển thịnh đạt bậc nhất của cả nước và khu vực Đông Nam Á. Hội An giữ vai trò trung tâm điều phối cho các thương cảng miền Trung như Thanh Hà (Huế), Thị Nại (Bình Định) và cùng với các cảng Đồng Nai, Sài Gòn, Hà Tiên… trở thành những thương cảng trọng yếu ở Đàng Trong. Không những thế, với vai trò là trung tâm liên vùng, Hội An đã cùng với Goa (Ấn Độ), Ayuthaya (Siam), Malacca (Malaysia), Batavia (Indonesia), Lyzon (Philippin)…nối kết với Formosa (Đài Loan), Macao, Hạ Môn (Trung Quốc), Pusan (Hàn Quốc) tạo nên một hệ thống thương mại hoàn chỉnh của châu Á.