Bảo tàng Gốm sứ Mậu dịch (Số 80 - Trần Phú)
Đây là một ngôi nhà hai tầng tiêu biểu với ban công bằng gỗ được xây dựng ổn định vào khoảng năm 1920. Ở đây, có thể thấy được tổng thể không gian điển hình của kiến trúc nhà cổ ở Hội An được chia làm 3 phần: nhà trước, nhà sau và nhà cầu. Sân trời được bố trí giữa nhà trước và nhà sau, bếp và khu vệ sinh được bố trí phía sau cùng.
Nhà được tu bổ vào năm 1994 có sự hợp tác của chuyên gia trong nước và Nhật Bản, sau đó được sử dụng làm Bảo tàng Gốm sứ Mậu dịch. Bảo tàng chuyên đề này trưng bày các hiện vật gốm sứ được tìm thấy tại các điểm khảo cổ ở Hội An phản ánh con đường gốm sứ mậu dịch trên biển vào các thế kỷ trước đây, khi thương cảng Hội An còn là tụ điểm giao lưu thương mại trên biển của các thương thuyền Đông - Tây - Á - Âu.
Bảo tàng Văn hóa Sa Huỳnh (Số 149 Trần Phú)
Trưng bày tại bảo tàng là bộ sưu tập đầy đủ và độc đáo các hiện vật liên quan đến cư dân cổ thuộc hệ Văn hoá Sa huỳnh (niên đại cách đây hơn 2000 năm), được coi là chủ nhân của tiền cảng - thị sơ khai Hội An từng có quan hệ, giao lưu với cả khu vực Đông Nam Á, Nam Ấn Độ và Trung Hoa. Điều lý thú là các hiện vật đều có địa chỉ khảo cổ học rất tin cậy, vì cùng với hiện vật là hệ thống tài liệu, ảnh chụp,... minh chứng rõ ràng vị trí của chúng trong lòng đất. Qua tư liệu hiện vật Bảo tàng còn phản ảnh nhiều thông tin khác về táng tục, quan niệm sống chết, nhận thức về sự phát triển, mối quan hệ giao lưu... của cư dân cổ thuộc hệ Văn hoá Sa Huỳnh trên đất Hội An.
Bộ sưu tập hiện vật về văn hoá Sa Huỳnh ở Hội An tại bảo tàng này được các nhà khoa học đánh giá là phong phú và độc đáo vào bậc nhất của Việt Nam.
Bảo tàng Văn hóa Dân gian Hội An (Số 33 Nguyễn Thái Học)
Bảo tàng được triển khai tại 33 - Nguyễn Thái Học, là ngôi nhà cổ lớn nhất trong Đô thị cổ có chiều dài 57 m, chiều ngang 9 m, hai tầng sàn bằng gỗ thông 2 mặt phố Nguyễn Thái Học và Bạch Đằng. Bảo tàng Văn hóa Dân gian ở Hội An là thiết chế văn hóa đặc biệt và được coi là hiếm hoi trong khu vực. Thông qua hiện vật, tư liệu, hình ảnh, Bảo tàng tập trung thể hiện các giá trị thuộc về văn hoá phi vật thể, giới thiệu bề dày về truyền thống văn hoá, sự sáng tạo, những đóng góp của nhân dân địa phương trong quá trình xây dựng, phát triển vùng đất Hội An. Bảo tàng trưng bày theo từng mảng chủ đề gồm Nghệ thuật tạo hình dân gian, Nghệ thuật diễn xướng dân gian, Ngành nghề truyền thống, các hiện vật liên quan đến đời sống hàng ngày của cư dân Hội An và đang tiếp tục được bổ sung tài liệu, hiện vật để thêm phong phú hấp dẫn.