Cầu làm theo kiểu “thượng gia hạ kiều”, trên có mái lợp ngói âm dương, mặt cầu lát gỗ, móng xây bằng đá. 2 gian đầu cầu hợp với 7 gian giữa theo hình chữ công (I), cầu hợp với chùa thành hình chữ đinh (T). Bộ vì nóc làm theo kiểu “chồng đấu con sơn” khá độc đáo và biến dạng thành vì vỏ cua ở hai gian đầu cầu. Các cấu kiện gỗ liên kết với nhau từ nhiều phía, tạo nên thể thống nhất, bền chắc và giàu tính nghệ thuật. Mặt Nam cầu hướng ra sông, mặt bắc cầu là gian chùa nhỏ liên hoàn kiến trúc với cầu. Vì nóc của chùa theo kiểu “cột trốn, kẽ suốt”, mộng ăn liền với vì nóc của cầu một cách hài hòa tuy niên đại chênh nhau hơn nửa thế kỷ. Chùa và cầu được giới hạn bởi những bức vách gỗ và bộ cửa “thượng song hạ bản”, tạo nên hai không gian riêng biệt: cầu bên ngoài dùng để đi lại còn chùa bên trong để thờ tự tín ngưỡng, cầu chỉ mở cửa vào những lúc cần thiết mà thôi. Trên cửa có gắn bức hoành gỗ được làm từ năm 1719, chạm nổi 3 chữ “Lai Viễn Kiều”, bên trái có châu ấn của Quốc chúa Nguyễn Phúc Chu. Dưới bức hoành là đôi mắt cửa tròn chạm hình 4 hoa cúc xung quanh xoáy lưỡng nghi và đều sơn màu đỏ. Hệ thống cột kèo đều làm bằng gỗ, vuông, có xoi chỉ, vuốt tròn bốn cạnh xà nóc chạm nổi niên đại 3 lần trùng tu Chùa Cầu (1763, 1817 và 1865). Bờ nóc tạo hình “lưỡng long tranh châu” cách điệu.
Ra đời vào cuối thế kỷ XVI, đầu thế kỷ XVII, Cầu Nhật Bản đóng vai trò rất quan trọng trong việc nói liền hai bờ của một lạch nước nhằm đáp ứng nhu cầu đi lại, giao thương mậu dịch của thương cảng Quốc tế Hội An. Suốt gần 4 thế kỷ nay cầu vẫn luôn luôn được phát huy tác dụng, vẫn là tuyến giao thông huyết mạch của thị xã Hội An. Ngoài ra, do các mái che, nên cầu còn là nơi tránh nắng, trú mưa hoặc là nơi dừng chân nghỉ mát cho bao khách bộ hành. Chùa Cầu còn thể hiện mối quan hệ hữu nghị truyền thống của 3 dân tộc (Việt - Hoa - Nhật) đã tưng cộng cư hòa bình trên mãnh đất Hội An.
Chỉ riêng tổng thể kiến trúc với hai cá thể Chùa và Cầu gắn với nhau thành một thể thống nhất đã là điều độc đáo trong kho tàng kiến trúc Việt Nam. Cầu vững vàng, sừng sững bắc qua lạch nước nhưng vẫn giữ được dáng vẻ duyên dáng, mềm mại nhờ đôi tay vàng của các nghệ nhân tạo dựng. Tuy Cầu và Chùa được xây dựng cách nhau hơn nửa thế kỷ song khó mà phát hiện những dấu hiệu sai biệt trong từng cấu kiện của tổng thể chùa cầu. Các lần trùng tu đã dần dần chuyển hóa từng phong cách kiến trúc tạo nên sự hài hòa, hợp lý trong phong cách kiến trúc tổng hợp, thể hiện đậm đà sắc thái văn hóa Hội An. Các tượng thờ của Chùa Cầu xứng đáng là những tác phẩm điêu khắc gỗ giàu tính nghệ thuật.