Song hành cùng những thương nhân phương Tây là các nhà truyền giáo đạo Thiên Chúa. Tuy nhiên, trước thế kỷ XVI, vào những năm 1318 và 1324, một số giáo sĩ phương Tây đang truyền giáo tại Trung Hoa, trong đó có Odoric De Pordenone cũng đã ghé thăm Vương quốc ChamPa với mục đích tìm kiếm mảnh đất mới để gieo hạt giống Tin Mừng song bất thành vì lúc này Blamôn giáo là quốc giáo của đất nước này. Công cuộc truyền giáo của các giáo sĩ ở Hội An, Đàng Trong vào thế kỷ XVI không được ghi lại và có lẽ cũng kết quả đạt được cũng không bao nhiêu vì các nhà truyền giáo đến hoạt động theo từng chuyến tàu buôn và không thông hiểu về ngôn ngữ. Năm 1523, giáo sĩ Duark Coelh đến vùng biển Hội An và đã tạc lên đảo Cù Lao Chàm 1 hình Thánh giá lớn để làm lưu niệm. Bắt đầu từ thế kỷ XVII, hoạt động truyền giáo của các giáo sĩ tại Hội An nói riêng, Đàng Trong nói chung gặt hái được nhiều kết quả tốt đẹp.
Năm 1567, người Nhật và người Trung Hoa đến buôn bán chính thức ở Hội An. Được sự cho phép của các Chúa Nguyễn, người Nhật và người Trung Hoa đã xây dựng ở Hội An hai thành phố riêng như miêu tả của C.Bori, Thích Đại Sán… Năm 1614, Chính quyền Nhật thực hiện chính sách cấm đạo và trục xuất những giáo sĩ nên bắt đầu từ đây có rất nhiều giáo dân Nhật bản đến Hội An và Toà Giám mục Macao cũng chuyển hướng truyền giáo sang Việt Nam để để giúp đỡ các giáo dân Nhật về mặt tinh thần và tìm kiếm mảnh đất mới. Năm 1615, Toà Giám mục Macao cử đến Hội An một phái đoàn Dòng Tên để lập ra giáo đoàn Đàng Trong. Phái đoàn này gồm có giáo sĩ Francesco Bozomi, Diego Carvalho và ba thầy dòng trong đó có hai thầy dòng người Nhật. Phái đoàn đặt chân lên đất Đà Năng ngày 18-1-1615 và lập ở đây ngôi nhà thờ đầu tiên, sau đó vào Hội An - Thanh Chiêm. Đến ngày lễ Phục Sinh (đầu tháng 4 năm 1615), phái đoàn truyền giáo rửa tội cho 10 giáo hữu tiên khởi, trong gần một năm có hơn 300 người theo đạo và các giáo sĩ xây dựng ngôi nhà thờ thứ hai ở Thủ phủ dinh (Thanh Chiêm), công cuộc truyền giáo của các giáo sĩ ở Hội An nói riêng, Đàng Trong nói chung thực sự khởi sắc. Hội An là điểm đến, lưu trú, ẩn trú, giảng đạo của các giáo sĩ nước ngoài trong suốt thời gian dài.
Theo “Hội An Công giáo” (Tài liệu kỷ niệm 385 năm giáo xứ Hội An), giáo xứ Hội An được thành lập vào năm 1615 bởi giáo sĩ Bozomi, Carvalho và các thầy dòng. Trong thời gian từ năm 1615 - 1665, ở Hội An có 3 cộng đoàn công giáo. Một cộng đoàn người Nhật có nguyện đường tại địa điểm bây giờ là Đình Cẩm Phô, cộng đoàn người Hoa có nguyện đường ở đường Cantonaise cũ (?), còn cộng đoàn người Việt có nguyện đường ở phường Sơn Phong. Năm 1643, trụ sở truyền giáo của các giáo sĩ ở Hội An là một trong hai trụ sở chính của giáo đoàn Đàng Trong. Trụ sở ở Hội An có nhà chung (nhà thờ) cho bổn đạo và nhà riêng cho giáo sĩ A.D. Rhodes và các thầy giảng. Năm 1675, giáo sĩ Conrtaulin xây dựng một ngôi nhà thờ tại Hội An phố. Vào giữa thế kỷ XVII, một số giáo sĩ của Hội truyền giáo ngoại quốc ở Pháp (Hội Thừa Sai Pháp - Hội Thừa Pari) được cử đến Hội An, người đầu tiên là giáo sĩ Louis Chevreuil (1644), tiếp đến là Lambret la Motte(1659-1679), Luy Laneun(1680-1682)…. Những giáo sĩ Hội Thừa sai Pari đã xây dựng ở Hội An trụ sở truyền giáo riêng của mình bên cạnh trụ sở truyền giáo của các giáo sĩ Dòng Tên. Từ cuối thế kỷ XVIII, cùng với những biến động về chính trị - xã hội, công cuộc truyền giáo bị gián đoạn, các ngôi nhà thờ đều bị hoang phế. Năm 1914, một số giáo dân qui tụ về Hội An xây dựng ngôi nhà nguyện mới bằng tranh gỗ tại địa điểm nhà thờ Thiên Chúa giáo Hội An hiện nay. Hơn 20 năm sau, năm 1935, nó được thay thế bằng ngôi nhà thờ kiên cố theo kiểu kiến trúc Gothique bởi linh mục Pierre Gallioz. Năm 1965, ngôI nhà thờ này bị hạ giải và thay vào đó là ngôi nhà thờ mới với kiểu dáng như hiện nay.
Ngôi nhà thờ hiện tại nằm trong khuôn viên khá rộng, xung quanh có tường rào xây bằng gạch. Lối vào nhà thờ qua cổng tam quan cách điệu hình mái nhà, trên đỉnh cổng đặt hình cây Thánh giá. Phía sau cổng là khoảng sân rộng rãi với bên trái là hang đá lớn nằm bên dưới cây cổ thụ, bên phải là đồi cỏ - giả sơn và khu mộ các vị giáo sĩ Phương Tây. Thánh đường được xây dựng theo kiểu kiến trúc “Neo Gothique” kết hợp với lối kiến trúc nhà truyền thống Hội An. Nội thất Thánh đường phân thành 3 không gian chính với chức năng riêng gồm khu vực dành cho cộng đoàn tham dự Thánh lễ, khu Cung thánh dành cho linh mục quản xứ dâng Thánh lễ và phòng áo. Khu cộng đoàn tham dự thánh lễ bố trí bốn dãy ghế, trên tường khu này treo các bức phù điêu mô tả hành trình khổ nạn của chúa Jesu. Khu Cung thánh được thiết kế cao hơn khu vực xung quanh, chính giữa là bàn thờ dâng Thánh lễ đặt trên nền cao với ba bậc cấp tượng trưng cho 3 đức “Tin - Cậy - Mến” để đến với Chúa. Sát tường phía sau cung thánh là Thánh giá có tượng Chúa Cứu Thế. Đầu cây Thánh giá có bảng nhỏ đề chữ “INRI” nghĩa là “Đây là Jesuite, vua dân Do Thái”, phía chân cây Thánh giá là Nhà tạm - nơi để Mình Thánh Chúa. Phòng áo nằm ở phía sau Cung thánh, có lối dẫn vào Cung Thánh. Phòng áo là nơi cất giữ y phục hành lễ của linh mục và trang phục của các lễ sinh giúp lễ, đồng thời là nơi chuẩn bị lễ vật. Toàn bộ Thánh đường có lắp hệ thống gương màu nhằm tạo không gian bên trong thiêng liêng hơn, thanh thoát hơn
Theo nhiều nguồn tư liệu, trong lịch sử, nhà thờ Thiên Chúa giáo ở Hội An từng là điểm đến, nơi cư trú, ẩn trú, truyền giáo của các giáo sĩ Dòng Tên, Dòng Thừa sai Pari ở Hội An nói riêng, Đàng Trong nói chung. Cuối năm 1615, sau gần một năm đến giảng đạo tại Hội An, Đàng Trong, giáo sĩ Bozomi và Carvalho đã rửa tội cho 300 người theo đạo. Năm 1617, giáo sĩ Francesco di Pina đến cư trú ở nhà thờ Hội An để giảng đạo tại Hội An - Thanh Chiêm đến khi ông qua đời. Ông là người đầu tiên nghiên cứu và giảng đạo bằng tiếng Việt. Năm 1618, phái đoàn gồm giáo sĩ Pedro Marquez làm tuyên uý và Christofo Borri làm phụ tá đến Hội An. Hai giáo sĩ lưu trú tại nhà thờ Hội An một thời gian và đi truyền đạo khắp Đàng Trong. C.Borri là người phương Tây đầu tiên viết và in sách mô tả về Đàng Trong. Năm 1624, giáo sĩ Alexandre de Rhodes đến Đàng Trong. Ông ở tại nhà thờ Hội An một thời gian để học chữ Quốc ngữ từ cha Pina, các thầy giảng và một em bé người Việt. Trong 3 năm đầu, với sự cộng tác của các thầy giảng người Việt, ông đã rửa tội được 6700 người theo đạo, trong đó có bà vợ của ông Tổng trấn Qui Nhơn. Các lần đến Đàng Trong sau này, trong thời gian cấm đạo ông đều ở tại nhà thờ Hội An. Ông là người sáng lập ra Giáo đoàn Đàng Ngoài, lập Hội Thầy giảng. Từ tháng 7 - 12 năm 1640, A.D.Rhodes cùng các thầy giảng đã rửa tội cho 1305 người theo đạo ở Hội An. A. D. Rhodes là người nghiên cứu hoàn thiện chữ Quốc ngữ và in sách bằng chữ Quốc Ngữ. Ngoài các giáo sĩ Dòng Tên nêu trên còn có các giáo sĩ Dòng Thừa sai Pari như Lambret la Motte(1659-1679), Luy Laneun(1680-1682), Culielm Mahot(1682-1684), Phanxico Perez(1684-1728), Carola Marino Lable(1697-1723), Alexandro de Alexandris(1726-1738), Gioan Valere Rist(1735-1737), … Trong đó L.Motte là người đã triệu tập các thầy giảng cùng các thủ lãnh giáo khu ở Đàng Trong để nghiên cứu tình hình và tạo hoà khí giữa các giáo sĩ Dòng Tên và các giáo sĩ Dòng Thừa sai Pari.
Nhà thờ Thiên Chúa giáo ở Hội An là nơi các giáo sĩ sáng học tiếng Việt, sáng lập chữ Quốc ngữ, là nơi giao lưu tiếp xúc văn hoá Đông - Tây. Trong quá khứ, nhà thờ Thiên Chúa giáo ở Hội An là nơi mà các giáo sĩ tập trung một số lễ vật sản phẩm của nền khoa học phương Tây để dâng tặng cho các Chúa Nguyễn. Lễ vật mà các giáo sĩ dâng tặng cho Chúa Hiền Nguyễn Phước Tần vào năm 1676 gồm: 2 cây vải hồng mịn, 1 họp bạc chạm trổ lớn và 4 họp nhỏ, 2 gương soi venise bọc da lừa có đính bằng bạc, 1 đồng hồ có chuông điểm giờ, nửa giờ, 15 phút, 1 cây hàng mỹ Hoà Lan, 2 ram giấy mạ vàng, 1 ống viễn kính, 1 kính hiển vi cỡ lớn và 1 cỡ nhỏ, 2 kính cửu cửu biểu viền bạc, 2 kính lấy lửa tạo được sức nóng chảy bạc dưới ánh mặt trời, 1 bật lữa hình khẩu súng nhỏ bằng bạc. Tháng 1 năm 1642, A.D. Rhodes đến Hội An đã mang theo một số đồng hồ dâng tặng cho Chúa Thượng.
Để công việc truyền giáo ở Đàng Trong đạt được kết quả tốt, ngoài việc sử dụng các thầy giảng người Nhật hoặc phải thông thạo tiếng Nhật để giao tiếp, các giáo sĩ phương Tây ở tại Hội An còn nghiên cứu tiếng Việt và Latinh hoá âm tiếng Việt. Được sự trợ giúp của các thầy giảng người Việt và một số giáo hữu cũng như vận dụng kinh nghiệm việc Latinh hoá âm tiếng Hoa và tiếng Nhật, các giáo sĩ đã sáng lập ra chữ Quốc ngữ. Người đi tiên phong trong việc nghiên cứu và Latinh hoá âm tiếng Việt là giáo sĩ Di Pina. Ông sống ở Hội An từ năm 1617-1625, là người mà theo A.D. Rhodes nhận xét khi đến Hội An vào năm 1624: “…cha Francesco di Pina thì khác, ông nói tiếng Việt khá tốt và tôi nhận thấy rằng những bài thuyết giáo của ông có ích hơn bài của các cha khác.”. Cha Pina đã soạn cuốn “Sách học chữ quốc ngữ”, nghiên cứu về thanh âm và ngữ pháp. Năm 1624, A.D. Rhodes đến Hội An và học tiếng Việt từ cha Pina, các thầy giảng và em bé người Việt. Sau 3 tuần đã nói được tiếng Việt, 6 tháng sau đã thông thạo tiếng Việt. Từ những nghiên cứu của mình khi còn ở tại Hội An cũng như thừa hưởng kết quả nghiên cứu của Di Pina và hai cuốn điển Việt - Bồ của Amaral 1636-1645), Bồ - Việt của Barbosa1642-1645), A.D. Rhodes soạn và in hai cuốn sách viết bằng chữ Quốc ngữ Việt đầu tiên là vào năm 1651 là cuốn “Phép giảng 8 ngày”, và “Từ điển Việt-Bồ-Latinh”. Sự ra đời của hai cuốn sách này cũng là thời điểm đánh dấu sự ra đời của chứ Quốc ngữ.
Tọa lạc tại số 02 đường Nguyễn Trường Tộ (thời Pháp gọi là đường Gouverneur Général Cherles), nhà thờ Thiên Chúa giáo ở Hội An - ÉGLESE DE HOI AN - HOI AN CATHOLIC CHURCH hiện nay là một di tích biểu hiện sâu đậm mối quan hệ giao lưu văn hóa Đông - Tây trong lịch sử tại Hội An (Faifo), góp phần tạo nên những mản màu mới trong bức tranh văn hóa Hội An.