Sau 19 tháng bị quân dân ta vây chặt, không thể chiếm Đà Nẵng để vượt đèo Hải Vân đánh ra kinh thành Huế, ngày 23-3-1860 quân Pháp rút quân, chuyển mục tiêu vào Gia Định, đánh chiếm Nam Kỳ, sau đó mở rộng xâm lược toàn nước ta. Ngày 20-8-1883, thực dân Pháp tấn công cửa bể Thuận An, uy hiếp trực tiếp kinh thành Huế. Trước sức mạnh của giặc, triều đình Huế đã ký với Pháp Hiệp ước Hác- măng (25-8-1883) và Hiệp ước Pa-tơ-nốt (6-6-1884) dâng nước ta cho Pháp.
Bất chấp sự đầu hàng của chính quyền phong kiến nhà Nguyễn, nhân dân khắp nơi trong cả nước vẫn tiếp tục cuộc kháng chiến chống giặc ngoại xâm. Trong triều đình Huế cũng có sự phân hóa sâu sắc, hình thành nên hai phái: phái chủ chiến đứng về phía nhân dân tiếp tục cuộc chiến đấu, phái chủ hòa chủ trương hòa hoãn đầu hàng Pháp. Nhiều quan lại yêu nước từ bỏ chốn cung đình trở về quê hương dựng cờ khởi nghĩa. Đại thần Tôn Thất Thuyết cầm đầu phái chủ chiến dấy binh ở kinh thành Huế nhưng thất bại, phải đưa vua Hàm Nghi lánh nạn tại sơn phòng Quảng Trị và hạ chiếu Cần Vương hô hào nhân dân ra sức đánh giặc ngoại xâm và tay sai, phò vua cứu nước.
Nghĩa hội Quảng Nam được thành lập và tiến hành cuộc khởi nghĩa oanh liệt từ 1885-1888 chống Pháp và chính quyền phong kiến tay sai. Phong trào Nghĩa hội Quảng Nam gắn liền với tên tuổi và cuộc đời của chí sĩ Nguyễn Duy Hiệu- người con của Hội An. Sau khi thi đỗ cử nhân rồi phó bảng, Nguyễn Duy Hiệu được bổ nhiệm làm quan với chức giảng tập dạy hoàng tử. Hưởng ứng chiếu Cần Vương, Nguyễn Duy Hiệu quyết định từ bỏ chốn quan trường, lấy cớ về quê phụng dưỡng mẹ già để tham gia Nghĩa hội Quảng Nam và được tôn làm Hội chủ. Thế lực Nghĩa hội Quảng Nam lớn mạnh nhanh chóng, xây dựng Trung Lộc (Quế Sơn) thành trung tâm lãnh đạo cuộc kháng chiến, đánh chiếm Quế Sơn, Thăng Bình, Điện Bàn, Hà Đông (Tam Kỳ), Duy Xuyên... Thành lập chính quyền Tân Tỉnh do Hội chủ Nguyễn Duy Hiệu làm tổng đốc. Ở các phủ huyện đều có chính quyền, quân đội, xây đồn đắp lũy, dùng chiến thuật du kích chiến đấu với địch. Trên đất Hội An có nhiều văn thân, chí sĩ đứng ra lãnh đạo nhân dân khởi nghĩa như: Trần Trung Tri, Lương Như Bích ở làng Cẩm Phô; Nguyễn Bính ở Sơn Phô; ông Tuy, ông Nhạc ở Phước Trạch; Châu Thượng Văn ở Minh Hương.
Sau nhiều lần tấn công dồn dập của địch, tháng 9 năm 1887, Nghĩa hội Quảng Nam bị tổn thất nặng. Để bảo toàn lực lượng còn lại, tránh sự khủng bố đẫm máu của giặc, cầu mong mai sau còn có cơ hội vùng lên, Nguyễn Duy Hiệu tự mình để cho giặc bắt rồi lãnh hết trách nhiệmvề mình. Ngày 01-10-1887, Nguyễn Duy Hiệu bị đưa ra Huế xử chém tại pháp trường An Hòa, để lại tấm gương sáng ngời về nghĩa khí của một chí sĩ yêu nước.
Phong trào Cần Vương vừa kết thúc thì ở Quảng Nam tiếp tục dấy lên các cuộc vận động cách mạng sôi nổi gắn với tên tuổi của Phan Châu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng, Trần Quý Cáp, Phan Bội Châu... Hội An là trung tâm của các trào lưu yêu nước lúc bấy giờ, là nơi tổ chức các cuộc họp kín, bí mật đón tiếp, gặp gỡ các nhà yêu nước trong Nam ngoài Bắc để luận bàn thế sự. Hội An là địa bàn trọng yếu của phong trào chống thuế bùng nổ năm 1908 và của cuộc khởi nghĩa do Thái Phiên và Trần Cao Vân lãnh đạo năm 1916.
Ngay từ đầu thế kỷ XX, những thanh niên yêu nước của Hội An đã sớm tìm đến ánh sáng con đường cách mạng của Nguyễn Ái Quốc. Đến năm 1927, tổ chức tiền thân của Đảng Cộng sản Việt Nam là “Hội Việt Nam cách mạng thanh niên” đã xuất hiện ở Hội An. Ngày 28-3-1930, tại Hội An, Tỉnh ủy lâm thời Đảng bộ Đảng cộng sản Việt Nam tỉnh Quảng Nam được thành lập và Hội An là nơi Tỉnh ủy đóng cơ quan bí mật hoạt động lãnh đạo phong trào cách mạng trong toàn tỉnh. Qua các cao trào cách mạng 1930-1931, cao trào dân chủ 1936-1939, cao trào giải phóng dân tộc 1940-1945, sau những đợt “khủng bố trắng” của địch, Hội An là bàn đạp xung yếu và có nhiều đóng góp quan trọng trong qúa trình vận động khôi phục và phát triển tổ chức Đảng trong tỉnh. Hội An cũng từng là đầu mối quan trọng để gầy dựng tổ chức Đảng cho những nơi ngoài tỉnh như Đà Nẵng, Đà Lạt...
Trong hào khí triều dâng thác đổ của cuộc Cách mạng Tháng Tám, đêm 17 rạng ngày 18-8-1945, trên 5.000 quần chúng cách mạng của Hội An do các đội tự vệ vũ trang dẫn đầu đã nhất tề vùng lên khởi nghĩa, cuốn phăng toàn bộ chính quyền thực dân phong kiến. Hội An trở thành một trong các tỉnh lỵ giành được chính quyền sớm nhất của cả nước. Từ đó, với tư cách là người làm chủ, nhân dân Hội An hăng hái tham gia xây dựng đảng, chính quyền, lực lượng vũ trang và khối đại đoàn kết toàn dân để tạo dựng chế độ mới, cuộc sống mới.
Nhưng thực dân Pháp rắp tâm trở lại xâm lược Việt Nam một lần nữa, Hồ Chủ tịch ra lời kêu gọi toàn quốc kháng chiến với quyết tâm “Thà hy sinh tất cả chứ không chịu mất nước, không chịu làm nô lệ”. Tháng 3-1947, quân Pháp từ Đà Nẵng tràn vào Hội An có cả máy bay, tàu chiến, pháo binh, cơ giới yểm trợ; quyết tâm dựng nên bộ máy bù nhìn tay sai và triển khai hệ thống bố phòng chặt chẽ để chiếm đóng lâu dài, xây dựng Hội An thành tỉnh lỵ của Quảng Nam và lấy đây làm bàn đạp để đánh chiếm các vùng tự do của ta ở phía Nam sông Thu Bồn. Thời kỳ Pháp chiếm đóng, trên chiến trường Hội An có đầy đủ các đơn vị lính Âu- Phi, Việt binh đoàn, com-man-do, Partisans... Tuy vậy, phong trào nhân dân du kích chiến tranh của quân và dân Hội An phát triển ngày càng mạnh, lập nên nhiều chiến công vang dội.
Trải qua cuộc cách mạng tháng 8- 1945 và sau đó là 7 năm trực tiếp đương đầu với thực dân Pháp xâm lược (1947- 1954), quân và dân Hội An được các đơn vị bộ đội tỉnh và liên khu V hỗ trợ phối hợp tác chiến, đã tổ chức đánh địch hàng trăm trận; trong đó có 9 lần đồng loạt tấn công vào các vị trí địch ở trung tâm nội ô, 1 lần bắt tỉnh trưởng của Chính phủ bù nhìn thân Nhật phải tuyên bố đầu hàng (1945), 1 lần bắt nguyên tỉnh trưởng ngụy quyền tỉnh Quảng Nam (1949), 1 lần tấn công phái đoàn tỉnh trưởng (1949), 1 lần giải phóng nhà lao (1954). Tính sơ bộ, quân và dân ta đã tiêu diệt, bắt sống và loại khỏi vòng chiến đấu hơn 1.000 tên địch (trong đó lính Pháp bị tiêu diệt gần 100 tên, bắt sống 01 tên); diệt gọn 1 tiểu đội lính Pháp, 2 trung đội lính ngụy Việt binh đoàn, xóa phiên hiệu 1 đại đội thuộc Chi đoàn Nghĩa dũng đoàn, 1 đại đội xung phong và 1 đại đội tiếp lực thuộc tiểu đoàn Võ Tánh chủ lực ngụy, hạ 2 mâm tề; phá hỏng và thu hơn 12 xe các loại; đánh chìm và làm hư hỏng 7 ca nô. Quân và dân Hội An được Chủ tịch Hồ Chí Minh khen tặng khẩu súng các-bin.
Sau chiến thắng Điện Biên Phủ “lừng lẫy năm châu, chấn động địa cầu”, quân và dân ta đã đánh bại cuộc chiến tranh xâm lược của thực dân Pháp. Nhưng chưa được hưởng một ngày hòa bình, dân tộc Việt Nam phải đương đầu với đế quốc Mỹ và tay sai. Cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước ngày càng quyết liệt.
Trên chiến trường Hội An, quân giặc hung bạo đưa đến đủ các sắc lính- từ quân viễn chinh Mỹ, quân chư hầu Nam Triều Tiên đến quân ngụy, với các binh chủng thủy- bộ- không quân, công binh, pháo binh, xe tăng, thiết giáp, tình báo, biệt kích, bình định… Hội An là tỉnh lỵ của Quảng Nam, nơi tập trung các cơ quan đầu não và một bộ máy ngụy quyền cùng các công cụ cai trị, đàn áp từ cấp tỉnh, quận đến xã thôn. Các đảng phái phản động cũng lấy Hội An làm địa bàn đóng trụ sở hoạt động chống phá cách mạng. Địch muốn biến Hội An thành bình phong án ngữ phía Nam căn cứ quân sự Đà Nẵng, đồng thời dùng Hội An làm bàn đạp đánh phá các vùng tự do và vùng du kích của ta ở những địa bàn xung quanh. Trên một địa bàn chỉ mấy chục cây số vuông, chúng đã dựng lên một hệ thống gần hơn 70 cứ điểm, chốt điểm, đồn bót, công sự; liên tục hành quân càn quét, bình định, bắn giết, đốt phá nhà cửa ghe thuyền, cày ủi ruộng vườn, ép buộc đồng bào ta vào sống trong những trại tập trung và khu dồn.
Vượt qua muôn vàn khó khăn, thử thách, Đảng bộ Hội An đã nắm vững và vận dụng sáng tạo những đường lối cách mạng của Đảng vào điều kiện thực tế của địa phương; phát động và lãnh đạo cuộc kháng chiến toàn dân, toàn diện; xây dựng lực lượng quần chúng và lực lượng vũ trang hùng mạnh, tiến công địch cả về chính trị, quân sự và binh vận; ở cả đô thị, nông thôn, biển đảo; lập nhiều thành tích xuất sắc.
Trong bão lửa của cuộc tổng tiến công và nổi dậy mùa Xuân 1975 trên khắp miền Nam, đêm 27-3-1975, dưới sự lãnh đạo của Đảng bộ, quần chúng cách mạng ở các khu dồn, trại tập trung và các phường nội ô nổi dậy phá xích bẻ xiềng, cùng lực lượng vũ trang siết chặt vòng vây. Hơn một vạn ngụy quân, ngụy quyền đã phải đầu hàng và tan rã. Rạng sáng ngày 28-3-1975, lá cờ Mặt trận Dân tộc giải phóng Miền Nam Việt Nam- lá cờ chiến thắng phất phới tung bay trên nóc tòa hành chính Quảng Nam; đánh dấu thắng lợi huy hoàng của cuộc trường chinh đấu tranh giải phóng diễn ra trên quê hương; góp phần cùng đồng bào toàn tỉnh và cả nước làm nên bản hùng ca Đại thắng Mùa Xuân năm 1975.
Qua 21 năm kháng chiến chống Mỹ (1954-1975), quân và dân Hội An vừa độc lập tác chiến vừa phối hợp bộ đội tỉnh và lực lượng cách mạng của các huyện bạn đánh hàng nghìn trận lớn nhỏ; loại khỏi vòng chiến đấu 14.631 tên địch, đánh cháy 158 xe các loại (trong đó có 30 xe tăng, bọc thép, thiết giáp), đánh chìm và phá hỏng 15 hải thuyền, bắn rơi 9 máy bay, thu 17.709 khẩu súng các loại, hàng vạn tấn đạn dược và phương tiện chiến tranh của địch. Quân Mỹ bị tiêu diệt tổng cộng khoảng 500 tên; trong đó, tiêu diệt gọn 01 ban chỉ huy tiểu đoàn bộ có 1 trung đội bảo vệ, 1 đại đội, 6 trung đội và 1 tiểu đội, bắt sống 01 sĩ quan. Quân Nam Triều tiên bị tiêu diệt tổng cộng khoảng 350 tên; trong đó diệt gọn 1 đại đội, 1 trung đội, đánh tiêu hao nặng 01 tiểu đoàn, bắt sống 1 tên. Quân ngụy bị diệt gọn 8 đại đội độc lập, 03 đại đội hỗn hợp và hàng chục trung đội nghĩa quân, dân vệ, bảo an, 7 đoàn bình định.