Năm 1898, vua Thành Thái ra chỉ dụ thành lập thị xã Faifo làm tỉnh lỵ Quảng Nam. Đến ngày 30 tháng 8 năm 1899, Toàn quyền Đông Dương của Pháp lúc đó là Foures ký chuẩn y đạo dụ trên và gọi thị xã Hội An là “Ville Faifo” với phạm vi hành chính bao gồm các địa bàn trung tâm của phố cổ Hội An (tương ứng phường Minh An và một phần các phường Cẩm Phô, Sơn Phong ngày nay).
Thời kỳ trước năm 1945, Quảng Nam trở thành đất “bảo hộ” của Pháp. Bên cạnh chính quyền phong kiến Nam triều còn có chính quyền bảo hộ của thực dân Pháp cai trị, mà đứng đầu là công sứ Pháp đóng tòa sứ tại Hội An. Người đứng đầu chính quyền Nam triều ở Quảng Nam là Tổng đốc đóng hành dinh tại La Qua chỉ là bù nhìn cho chính quyền bảo hộ của công sứ Pháp. Các cơ quan đầu não của bộ máy chính quyền bảo hộ cũng đóng tại Hội An, như: sở mật thám, sở thương chánh, sở đạc điền, đồn lính khố xanh, đồn cảnh sát, nhà lao... đặt dưới quyền điều khiển của công sứ Pháp.
Sau thắng lợi của Cách mạng Tháng Tám năm 1945, ngày 25-8-1945, Ủy ban nhân dân cách mạng lâm thời tỉnh Quảng Nam tuyên bố thành lập, đóng trụ sở tại tòa sứ cũ của Pháp tại Hội An. Cùng thời gian này, Tỉnh ủy Quảng Nam cũng chuyển cơ quan từ Duy Xuyên về đây. Đầu tháng 9-1945, thị xã Hội An được thành lập và là tỉnh lỵ của tỉnh Quảng Nam; gồm 18 làng Thanh Hà, Cẩm Phô, Minh Hương, Hội An, Sơn Phô, Kim Bồng Đông, Kim Bồng Tây, Sơn Phong, Đế Võng, Thanh Nhất, Thanh Nhì, Thanh Tam, Thanh Đông, Phước Trạch, An Bàng, Tân Hiệp và 2 vạn ghe Phước Châu, Thanh Lộc.
Năm 1946, thực hiện chủ trương hợp xã lần thứ nhất của Chỉnh phủ, Ủy ban Kháng chiến Hành chính tỉnh Quảng Nam quyết định nhập các xã cũ của Hội An và phân chia lại đơn vị hành chính mới gồm 8 khu phố:
- Khu I (Hường Hiệu) gồm: Lai Nghi, Thanh Hà, An Phong (trước thuộc huyện Điện Bàn) và Chương Phô (một ấp thuộc làng Cẩm Phô cũ).
- Khu II (Châu Thượng Văn) gồm: Cẩm Phô, Minh Hương, Sơn Phong, Ngọc Thành (một ấp thuộc làng Kim Bồng Tây), Hậu Xá (một ấp thuộc làng Thanh Hà) và Thượng Ba Nông (một ấp thuộc làng Thanh Nam).
- Khu III (Kiến Trúc) gồm: Kim Bồng Đông, Kim Bồng Tây, Trung Tín (một ấp thuộc làng Cẩm Phô cũ).
- Khu IV (Lương Như Bích) gồm: Tam Châu, Nam Ngạn, Vĩnh Thành (một ấp thuộc Kim Bồng Đông), Trung Châu (một ấp thuộc làng Thanh Nam), Thuận Tình (một ấp thuộc làng Thanh Tam).
- Khu V (Nguyễn Bính) gồm: An Mỹ, Đế Võng, Sơn Phô, Thanh Tây, Xóm Chiêu (một ấp thuộc làng Thanh Nam), Xóm Mới (một phần của Thanh Nam), Cồn Đầm (một ấp thuộc làng Thanh Nhứt).
- Khu VI (Thanh Hiệp) gồm: Thanh Nhứt, Thanh Nhì, Thanh Tam, Thanh Nam, Thanh Đông, Hạ Ba Nông.
- Khu VII (Tuy Nhạc) gồm: An Bàng, Phước Trạch, Tân Thành (Cồn Động, trước thuộc làng Thanh Hà).
- Khu VIII (Tân Hiệp) gồm các đảo Cù Lao Chàm.
Khi thực dân Pháp trở lại chiếm đóng từ tháng 3-1947, lập ra chính quyền bù nhìn ở Quảng Nam và lấy Hội An làm tỉnh lỵ, đóng các cơ quan đầu não chính trị, quân sự. Các vùng nội ô được áp dụng cơ chế hành chính như một thị xã tỉnh lỵ dưới sự quản lý điều hành trực tiếp của bộ máy chính trị và quân sự tỉnh Quảng Nam. Còn lại các vùng khác vẫn giữ nguyên là các làng xã cũ thuộc Điện Bàn và Duy Xuyên. Đến năm 1950, ngụy quyền Quảng Nam cải tổ các làng xã cũ Hội An để lập nên Khu hành chính Cẩm Phô thuộc quận Điện Bàn.
Về phía chính quyền cách mạng, đến cuối năm 1949 có chủ trương hợp xã lần thứ hai, thị xã Hội An được tổ chức lại thành 4 khu phố:
- Khu Hội Thành: tức khu II cũ (nội ô).
- Khu Hội Điền: Gồm các khu I, V và 1/2 khu VII cũ (tức Cẩm Hà, Cẩm Châu và An Bàng, Tân Thành, Phước Trạch ngày nay).
- Khu Hội Hà: Gồm các khu III và khu IV cũ (Cẩm Kim và Cẩm Nam ngày nay).
- Khu Hội Hải: Gồm các khu VI , 1/2 khu VII và khu VIII cũ (Cẩm Thanh, Phước Hải và Tân Hiệp ngày nay).
Tháng 7-1950, theo quyết định của tỉnh, Hội An thành lập “thị xã thuần tuý” như một đô thị bao gồm khu phố Hội Thành và các vùng phụ cận như Ngọc Thành, Hậu Xá, Xuân Lâm, Tu Lễ, Xóm Mới, Trường Lệ, Sơn Phô, Đế Võng, Tam Châu (Cẩm Nam ngày nay) và được chia thành 4 phường. Các vùng còn lại của khu Hội Hà nhập vào xã Duy Vinh (huyện Duy Xuyên) các khu Hội Điền và Hội Hải nhập vào xã Điện Hải (tức Điện Dương, huyện Điện Bàn).
Theo Nghị định số 229 MN/12 ngày 15-10-1951 của Ủy ban Kháng chiến Hành chính miền Nam Trung Bộ, thị xã Hội An được điều chỉnh lại:
- Cắt thôn Trà Nam và nửa Kim Bồng nhập vào xã Duy Vinh (huyện Duy Xuyên); cắt các vùng Phước Trạch, Tân Thành, An Bàng, Bến Trễ, Bàu Ốc Thượng nhập về xã Điện Dương (huyện Điện Bàn); cắt các vùng Lai Nghi, Chương Phô nhập về xã Điện Nam (huyện Điện Bàn).
- Phần còn lại của thị xã Hội An được chia thành 5 đơn vị hành chính mới: Khu Bắc (gồm Trường Lệ, Trà Quế và các khu Nguyễn Bính, Tuy Nhạc cũ), Khu Tây (gồm các vùng của khu Hường Hiệu cũ), Khu Đông (gồm Cồn Chài, Khu Thanh Hiệp và Tân Hiệp), Khu Nam (gồm các khu phố Kiến Trúc và Lương Như Bích cũ), Khu Trung (gồm các khu vực nội ô).
Những năm đầu dưới chế độ chính quyền Ngô Đình Diệm, địa lý hành chính Hội An vẫn không thay đổi. Khu hành chính Cẩm Phô lúc này vẫn thuộc quận Điện Bàn nhưng đến năm 1956 được phân chia lại thành 9 xã mới gồm: Cẩm Hải, Cẩm Hà, Cẩm Châu, Cẩm An, Cẩm Thanh, Cẩm Nam, Cẩm Kim, Hội An và Xuyên Long. Trong đó, xã Hội An là “xã đặc biệt” đóng vai trò như một thị xã tỉnh lỵ (gồm các làng cũ Minh Hương, Hội An, An Hội, Sơn Phong, Cẩm Phô).
Ngày 31-7-1962, Chính phủ Việt Nam cộng hòa ra sắc lệnh số 162-NV chia Quảng Nam thành 2 tỉnh: Quảng Nam và Quảng Tín (Thành phố Đà Nẵng trực thuộc ngụy quyền trung ương), mỗi tỉnh ứng với một tiểu khu quân sự. Tỉnh Quảng Nam từ Quế Sơn ra đến đèo Hải Vân, tỉnh lỵ và tiểu khu quân sự đóng tại Hội An. Cơ quan tỉnh đường- tức tòa hành chính tỉnh đóng tại địa điểm Công ty cổ phần Du lịch- dịch vụ Hội An hiện nay, tiểu khu quân sự Quảng Nam đóng tại khu công viên Hội An hiện nay.
Ngụy quyền Quảng Nam thành lập các quận mới thay cho các Khu hành chính cũ; trong đó Khu hành chính Cẩm Phô đổi thành quận Hiếu Nhơn, vẫn bao gồm các xã trước đây: Cẩm Hải (nay là Điện Dương- Địên Bàn), Cẩm Hà (gồm cả phường Thanh Hà, xã Cẩm Hà và một phần phường Tân An ngày nay), Cẩm An (gồm các phường Cẩm An, Cửa Đại và xã Tân Hiệp ngày nay), Cẩm Châu, Cẩm Thanh, Cẩm Nam, Cẩm Kim, Hội An (nội ô) và Xuyên Long. Riêng xã Hội An gồm có 5 ấp là Cẩm Phô, Minh Hương, Hội An, Sơn Phong, An Hội. Cơ quan quận lỵ và chi khu quân sự quận Hiếu Nhơn đóng tại xã Cẩm Châu (nay là địa điểm cơ quan quân sự thành phố Hội An).
Về phía cách mạng, hội nghị Tỉnh ủy tại Tiên Phước (12/1962) quyết định chia 2 tỉnh: tỉnh Quảng Nam từ huyện Quế Sơn trở vào giáp Quảng Ngãi, tỉnh Quảng Đà từ Duy Xuyên ra giáp Thừa Thiên, bao gồm cả Thành phố Đà Nẵng. Hội An là thị xã thuộc tỉnh Quảng Đà.