Địa hình các vùng đồng bằng của Hội An chia thành ba vùng:
- Vùng cồn cát tập trung ở phía Tây Bắc, trải dài từ dốc Lai Nghi phường Thanh Hà, sang xã Cẩm Hà, qua phường Cẩm An, chạy dọc biển xuống phường Cửa Đại, kết nối với vùng cát phía Đông huyện Điện Bàn (giáp các xã Điện Nam, Điện Dương).
- Vùng thấp trũng gồm các phường Cẩm Phô, Minh An, Sơn Phong, Cẩm Nam, Cẩm Châu và xã Cẩm Kim ở bờ Nam sông Thu Bồn.
- Vùng mặt nước/sông ngòi gồm phần lớn diện tích xã Cẩm Thanh và các cồn nổi dọc hạ lưu sông Thu Bồn.
Địa hình hải đảo Cù Lao Chàm chủ yếu là đồi núi thấp, hầu hết các đảo nhỏ có hình chóp cụt, độ cao lớn nhất so với mặt biển dao động từ 70 – 517m. Đảo lớn nhất là Hòn Lao có một dãy núi xếp theo hình cánh cung từ Tây Bắc xuống Đông Nam, chia Hòn Lao thành hai sườn có địa thế khác nhau: sườn Đông có độ dốc lớn, đá tảng bao quanh chân núi rất hiểm trở; sườn Tây dốc thoải, ít đá tảng, nhiều bãi bồi ven biển.
Toàn địa bàn thành phố Hội An được phân 5 nhóm đất chính:
Nhóm đất cát: Được hình thành do kết quả lắng đọng trầm tích từ thượng nguồn sông Thu Bồn, có diện tích 1.705,11 ha (chiếm 27,63% tổng diện tích tự nhiên toàn thành phố), gồm 2 loại: đất cồn cát trắng vàng và đất cát ven biển, phân bổ chủ yếu ở Thanh Hà, Cẩm Hà, Cẩm Phô, Cẩm Châu, Cẩm An, Cửa Đại, Sơn Phong, Minh An, Tân Hiệp.
Nhóm đất mặn: Được hình thành do quá trình bồi lắng sản phẩm bị rửa trôi từ thương nguồn kết hợp với xác sinh vật ven biển, có diện tích 1.793,36 ha (chiếm 29,06% tổng diện tích tự nhiên toàn thành phố), phân bổ chủ yếu ở Cẩm Hà, Cẩm Thanh, Cẩm Châu, Cẩm Kim.
Nhóm đất phù sa: Được hình thành do quá trình bồi đắp phù sa của hệ thống sông Thu Bồn, có diện tích 854,72 ha (chiếm 13,85% tổng diện tích tự nhiên toàn thành phố), gồm 3 loại: Đất phù sa được bồi hằng năm, đất phù sa không được bồi hằng năm và đất phù sa glây, phân bổ chủ yếu ở Thanh Hà, Cẩm Hà, Cẩm Phô, Cẩm Châu, Cẩm Thanh, Cẩm Nam, Cẩm Kim, Sơn Phong, Minh An.
Nhóm đất dốc tụ: Được hình thành bởi quá trình rửa trôi, xóa mòn đất đồi núi và tích tụ lại khu vực thấp, có diện tích 14,81 ha (chiếm 0,24% tổng diện tích tự nhiên toàn thành phố), phân bổ chủ yếu ở chân núi Cù Lao Chàm.
Nhóm đất xám trên đá mát-ma axit: Được hình thành trên cơ sở phong hóa của đá granit giàu thạch anh, có diện tích 1.083, 24 ha (chiếm 29,22% tổng diện tích tự nhiên toàn thành phố), phân bổ chủ yếu ởxã Tân Hiệp.
Tổng diện tích đất lâm nghiệp của Hội An là 739,53 ha gồm rừng đặc dụng và rừng phòng hộ. Rừng ở Hội An rất đặc thù, với hệ động vật- thực vật phong phú, được xếp vào chủng loại có giá trị đa dạng sinh học và giá trị dự trữ sinh quyển cao.
Rừng đặc dụng có 453,9 ha, tập trung ở cụm đảo Cù Lao Chàm, là rừng hỗn giao, mang đặc điểm của rừng nhiệt đới với các loại cây ưu trế là mật, gụ, lim, chò đen, xoan, huỷnh... và hàng trăm loài cây thuộc các họ thực vật bậc cao được xác định trong danh mục cây dược liệu.
Rừng phòng hộ tập trung ở các khu vực: Cẩm Thanh (84,69 ha), Cửa Đại (38,02 ha), Cẩm Kim (37,29 ha), Thanh Hà (17.57 ha), Cẩm An (17, 43 ha), Cẩm Nam (9,62 ha); phân bổ chủ yếu ở các vùng dọc sông, ven biển, vừa có giá trị cảnh quan, vừa có tác dụng chắn sóng, chắn cát và chống sạt lở.