Mục tiêu của Dự án là thực hiện Hiến pháp năm 1992 về phân chia các đơn vị hành chính của nước ta để xác định rõ phạm vi quản lý theo địa bàn lãnh thổ giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; giữa các huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh và giữa các xã, phường, thị trấn trên đất liền và trên biển. Đảm bảo khép kín đường địa giới hành chính các cấp và thống nhất với đường biên giới quốc gia.
Bên cạnh đó, xây dựng Bộ hồ sơ, bản đồ địa giới hành chính và cơ sở dữ liệu về địa giới hành chính các cấp đảm bảo tính khoa học, đầy đủ, chính xác, pháp lý và thống nhất làm cơ sở pháp lý trong công tác quản lý nhà nước về địa giới hành chính và xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội trong cả nước, vùng lãnh thổ, từng địa phương, trong đó có huyện đảo Hoàng Sa và huyện đảo Trường Sa.
Bộ bản đồ địa giới hành chính các cấp được thể hiện đầy đủ đường địa giới hành chính các cấp, mốc địa giới, đường biên giới quốc gia (nếu có) trên nền bản đồ địa hình Hệ tọa độ quốc gia VN-2000 dạng file số phục vụ cho quản lý, cập nhật và khai thác sử dụng.
Các sản phẩm về hồ sơ, bản đồ địa giới hành chính dạng số được đăng tải trên trang web của Bộ Nội vụ dạng Raster.
Dự án triển khai thực hiện tại 63 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong thời gian 4 năm kể từ ngày 2/5/2012.