Phần đất liền của thành phố có diện tích 46,22 km2 (chiếm 74,9% tổng diện tích tự nhiên toàn thành phố), có hình thể gần giống như một hình thang cân, đáy là phía Nam giáp huyện Duy Xuyên với ranh giới chung là sông Thu Bồn, phía Tây và phía Bắc giáp huyện Điện Bàn, phía Đông giáp biển với bờ biển dài 7 km. Hạt nhân trung tâm đô thị Hội An là các phường Minh An, Sơn Phong, Cẩm Phô; trong đó có Khu phố cổ rộng chừng 5km2 đã được UNESCO công nhận là Di sản Văn hóa Thế giới (ngày 04/12/1999).
Cách đất liền 18 km là cụm đảo Cù Lao Chàm với diện tích 15,49 km2 (chiếm 25,1% tổng diện tích tự nhiên toàn thành phố), ở vị trí tọa độ : 15o52’30’’ đến 16o 00’00’’ Bắc và 108o24’30’’ đến 108o34’30’’ kinh độ Đông. Cù Lao Chàm bao gồm nhiều hòn đảo lớn nhỏ: Hòn Lao, Hòn Dài, Hòn Mồ, Hòn Ông, Hòn Tai, Hòn Lá, Hòn Khô (Khô Mẹ, Khô Con), Hòn Nồm. Các hòn đảo này quần tụ thành hình cánh cung hướng mặt ra Biển Đông, như bức bình phong che chắn cho đất liền. Cù Lao Chàm- Hội An đã được UNESCO công nhận là Khu dự trữ sinh quyển thế giới (ngày 26/5/2009).
Ngoài lợi thế nằm gần sân bay Chu Lai của Quảng Nam và cảng hàng không quốc tế hiện đại Đà Nẵng, Hội An còn có một ưu thế đặc biệt với vị trí nằm trên “Con đường di sản văn hóa miền Trung” bao gồm: Hội An- Mỹ Sơn- Huế. Đây được xem là điều kiện khách quan thuận lợi giúp Hội An thu hút được một lượng lớn khách du lịch trong và ngoài nước.
Vị trí tiếp giáp biển Đông và cụm đảo Cù Lao Chàm- Khu dự trữ sinh quyển thế giới đã tạo cho Hội An có thêm lợi thế về khai thác du lịch biển đảo. Các bãi biển An Bàng, Cửa Đại cách trung tâm phố cổ Hội An khoảng 3 km về phía Đông được bình chọn xếp hạng trong danh sách 50 bãi biển đẹp nhất trên thế giới. Đặc biệt, 7 km bờ biển Hội An nằm trên trục con đường biển “5 sao” nối từ phía Nam hầm đèo Hải Vân (Đà Nẵng), dọc theo vành đai bờ biển Liên Chiểu- Thuận Phước, qua bán đảo Sơn Trà và xuôi theo bãi biển Non Nước về phố cổ Hội An. Và trong tương lai gần sẽ kết nối với các vùng ven biển phía Nam dọc theo dòng Trường Giang vào đến Quảng Ngãi.
Ngoài ra, Hội An còn nằm trong chuỗi đô thị ven biển dài hơn 500 km vùng duyên hải miền Trung, là cơ sở quan trọng để thiết lập và mở rộng các liên kết kinh tế giữa các địa phương trong vùng. Khu vực lân cận Hội An đã và đang hình thành các khu kinh tế, khu cảng phi thuế quan, các khu đô thị mới với quy mô lớn. Phía Bắc có khu kinh tế Chân Mây- Lăng Cô gắn liền với Di sản văn hóa thế giới kinh thành Huế, thành phố Đà Nẵng đang được đô thị hóa nhanh và đóng vai trò động lực của khu vực. Phía Nam có cảng Kỳ Hà, khu kinh tế mở Chu Lai, khu công nghiệp Dung Quất. Các khu kinh tế và đô thị này đều có cảng nước sâu, hệ thống giao thông đường bộ và đường hàng không thuận lợi.
Với vị trí địa lý và quan hệ liên vùng, thành phố Hội An là trọng tâm của cụm động lực phía Bắc vùng Đông của tỉnh Quảng Nam, có quan hệ mật thiết với thành phố Đà Nẵng- vừa là đô thị lớn nhất Miền Trung, vừa là một trong những trung tâm kinh tế lớn của cả nước; là điểm đầu tuyến của hành lang Bắc trong chiến lược kết nối phát triển Vùng Đông- Vùng Tây tỉnh Quảng Nam, cùng với Đà Nẵng kết nối Đông Tây theo trục Quốc lộ 14B qua cửa khẩu Nam Giang của hành lang kinh tế EWEC2 và vùng kinh tế Tây Nguyên theo đường Hồ Chí Minh. Về đối nội, Hội An nằm trong Cụm động lực phát triển số 1 của Quảng Nam, là vùng giao thoa giữa Hành lang phát triển Bắc Quảng Nam (kết nối Vùng Đông Quảng Nam với các huyện Tây Bắc (Đông Giang, Nam Giang, Tây Giang) tương đối dồi dào tài nguyên, nguyên liệu) với Vệt ven biển Quảng Nam.
